1. Albrechtice (u Sušice)
2. Annín
3. Babín (obec Horažďovice)
4. Běhařov
5. Běšiny
6. Bezděkov
7. Bílenice (obec Žihobce)
8. Bíluky
9. Biřkov
10. Blata
11. Bližanovy
12. Bohdašice
13. Bojanovice
14. Bolešiny
15. Borovy
16. Boříkovy
17. Boubín (obec Horažďovice)
18. Božtěšice
19. Bradné
20. Brod
21. Březí
22. Březník
23. Břežany
24. Budětice
25. Bukovník
26. Buršice
27. Busil
28. Bystré
29. Bystřice nad Úhlavou
30. Čachrov
31. Čejkovy
32. Čeletice
33. Čepice
34. Čermná (obec Hrádek)
35. Černice (obec Chanovice)
36. Černíč
37. Červená
38. Červené Dřevo
39. Červené Poříčí
40. Číhaň
41. Čimice
42. Damětice
43. Datelov
44. Debrník
45. Defurovy Lažany (obec Chanovice)
46. Denkův Dvůr
47. Děpoltice
48. Dešenice
49. Dešeničky
50. Divišovice
51. Dlažov
52. Dlouhá Ves
53. Dobrá Voda (u Sušice)
54. Dobronín
55. Dobrotice (obec Chanovice)
56. Dobršín
57. Dobřemilice
58. Dolany
59. Dolejší Krušec
60. Dolní Antýgl
61. Dolní Lhota
62. Dolní Staňkov
63. Domažličky
64. Domoraz
65. Dražovice
66. Dubová Lhota
67. Dupanda
68. Frymburk
69. Grubrův dvorec (Gubrův dvorec)
70. Habartice
71. Hadrava
72. Hamry
73. Hartmanice
74. Hejná
75. Hlavňovice
76. Hliněný Újezd (obec Malý Bor)
77. Hnačov
78. Hodousice
79. Hojsova Stráž
80. Holkovice (obec Chanovice)
81. Horažďovice
82. Horažďovická Lhota (obec Horažďovice)
83. Horní Lhota
84. Horní Němčice
85. Horní Staňkov
86. Hory Matky Boží
87. Hořákov
88. Hrádek (u Sušice)
89. Hradešice
90. Humpolec
91. Hůrka
92. Chaloupky
93. Chanovice
94. Chlístov (Chlistov)
95. Chlumská
96. Chmelná
97. Chotěšov
98. Chudenice
99. Chudenín
100. Chvalšovice
101. Janovice nad Úhlavou
102. Javorná
103. Jetenovice
104. Ježovy
105. Jindřichovice
106. Jíno
107. Kadešice
108. Kámen
109. Kaničky
110. Karlov
111. Kašperské Hory
112. Kavrlík
113. Kejnice
114. Klatovy
115. Klatovy-Hůrka
116. Klenová
117. Kochánov
118. Kolinec
119. Komušín (obec Horažďovice)
120. Kovčín
121. Kozí
122. Kroměždice
123. Krotějov
124. Křenice
125. Křištín
126. Kunkovice
127. Kvasetice
128. Kvášňovice
129. Kydliny
130. Lešišov
131. Letovy
132. Lhovice
133. Lídlovy Dvory
134. Lipová Lhota
135. Lipplův Dvůr
136. Loreta
137. Loučová
138. Loužná
139. Lovčice
140. Luby
141. Lukavice
142. Lukoviště
143. Mačice
144. Makov
145. Maleč
146. Malonice
147. Malý Bor (zaniklá obec) (obec Hartmanice)
148. Malý Bor
149. Malý Kozí Hřbet
150. Maňovice
151. Matějovice
152. Měčín
153. Medvědí vrch
154. Měcholupy
155. Městiště
156. Mezihoří
157. Milčice
158. Milence
159. Miletice
160. Milínov
161. Miřenice
162. Mladice
163. Mlázovy
164. Mlýnské Struhadlo
165. Modrava
166. Mochtín
167. Mokrosuky
168. Mouřenec
169. Myslív
170. Myslovice
171. Na Špirku
172. Nahořánky
173. Nalžovské Hory
174. Nedanice
175. Nedaničky
176. Nehodiv
177. Němčice
178. Nemilkov
179. Neprochovy
180. Nezamyslice
181. Nezdice na Šumavě
182. Nezdice
183. Neznašovy
184. Nicov
185. Nová Plánice
186. Nový Čestín
187. Nýrsko
188. Obytce
189. Odolenov
190. Oldřichovice
191. Olšany
192. Opálka
193. Opolenec
194. Osobovy (obec Měčín)
195. Ostružno
196. Ostřetice
197. Otín
198. Pačejov
199. Palvinov (Palvínov)
200. Pancíř
201. Petrovice (obec Měčín)
202. Petrovice nad Úhlavou
203. Petrovice u Sušice
204. Petrovičky
205. Plánice
206. Plánička
207. Platoř
208. Plichtice
209. Podlesí
210. Podmokly
211. Podolí
212. Pohorsko
213. Pohoří
214. Poleň
215. Poschingrův Dvůr
216. Posobice
217. Prácheň
218. Prášily
219. Přední Paště
220. Předslav
221. Přetín
222. Pušperk
223. Rabí (Rábí)
224. Radkovice (obec Měčín)
225. Rejštejn
226. Rohozno
227. Rok
228. Rovná
229. Rozsedly
230. Sedlečko
231. Skelná Huť
232. Skránčice
233. Slatina
234. Slavíkovice
235. Slavošovice
236. Slivonice (obec Velký Bor)
237. Sluhov
238. Smrkovec (obec Hradešice)
239. Soběšice
240. Sobětice
241. Spůle
242. Srbice
243. Srní
244. Stará Hůrka
245. Stará Lhota
246. Starý Láz
247. Stodůlky (obec Prášily)
248. Strašín
249. Strážov
250. Strážovice
251. Střeziměř
252. Suché studánky
253. Sušice
254. Svatá Kateřina
255. Svaté Pole (obec Horažďovice)
256. Svéradice
257. Svinná
258. Svojše
259. Svojšice
260. Svrčovec
261. Šimandlův Dvůr
262. Šimanov
263. Špátův Dvůr (Dolní)
264. Špičák
265. Štěpánovice
266. Štíhlov (Stieglův Dvůr, Stiglhof, Stieglhof)
267. Štipoklasy
268. Švihov
269. Tajanov
270. Těchonice
271. Těšetiny
272. Tetětice
273. Točník
274. Trnčí
275. Tržek
276. Třebomyslice (obec Horažďovice)
277. Třebýcina (obec Měčín)
278. Třebýcinka (obec Švihov)
279. Týnec (obec Malý Bor)
280. Týnec
281. Úborsko (Koblince)
282. Uhliště
283. Ujčín
284. Újezd u Chanovic (obec Chanovice)
285. Újezd u Plánice
286. Úloh
287. Ústaleč
288. Vacovy
289. Vatětice
290. Věckovice
291. Velenovy
292. Velhartice
293. Velké Hydčice
294. Velký Bor
295. Velký Kozí Hřbet
296. Veřechov (obec Horažďovice)
297. Věštín
298. Vícenice
299. Vítkovice
300. Vlčkovice
301. Vlčnov
302. Vlkonice (obec Budětice)
303. Volšovy
304. Vosí
305. Vrhaveč
306. Vřeskovice
307. Výrov
308. Zadní Chalupy (Hinterhäuser)
309. Zadní Paště
310. Zahrádka
311. Záluží
312. Zátiší
313. Zavlekov
314. Zborovy
315. Zbynice
316. Zbyslav
317. Zdebořice
318. Zdeslav
319. Zdouň
320. Zejbišský dvůr
321. Zelená Lhota
322. Zhůří
323. Žďár
324. Železná Ruda
325. Žihobce
326. Žichovice
327. Žikov
328. Žíznětice
329. Žlíbek

Seznam některých zaniklých obcí v NP Šumava: http://www.npsumava.cz/cz/5781/9440/clanek/